Spółka z ograniczoną odpowiedzialnością podlega opodatkowaniu według zasad określonych w ustawie o podatku dochodowym od osób prawnych. Ustawa określa model podwójnego opodatkowania zysku wydzielonego ze spółki z o.o.. Dochód sp. z o.o. podlega opodatkowaniu podatkiem dochodowym od osób prawnych oraz – po raz kolejny – podatkiem od wypłacanych wspólnikom dywidend. Tak samo opodatkowana jest jednoosobowa spółka z o.o., której jedynym właścicielem (udziałowcem) jest osoba fizyczna.
Spółki kapitałowe, a więc także i spółka z o.o., opodatkowane są podatkiem dochodowym od osób prawnych (CIT) w wysokości 19%. Podatek CIT płaci się od dochodu spółki z o.o., czyli przychodów pomniejszonych o koszty uzyskania przychodów, korzystając z druków CIT-2 w terminie do 20-tego następnego miesiąca. Oprócz podatku CIT, w przypadku wypłaty zysku (dywidendy) wspólnikom spółki z o.o., należy uiścić jeszcze zryczałtowany podatek dochodowy od osób fizycznych także w wysokości 19%. Jak łatwo policzyć, w przypadku zysku na poziomie 100 tys. zł łączny podatek wyniesie 34.390 zł. Nie zmienia to faktu, że spółka z o.o., generując niewielki zysk lub wręcz stratę, może przynosić wysokie dochody wspólnikom, którzy zasiadają również w Zarządzie spółki, a więc są z tego tytułu dodatkowo wynagradzani.
Z przepisów k.s.h. wynika, że sposób rozporządzania czystym zyskiem musi zostać uregulowany w umowie spółki. Wypracowany przez spółkę z o.o. zysk wspólnicy mogą przeznaczyć na dywidendę, pokrycie straty z lat ubiegłych, podwyższenie kapitału zakładowego albo na fundusz zapasowy lub rezerwowy. O przeznaczeniu zysku wspólnicy decydują po zakończeniu się roku obrachunkowego w specjalnej uchwale. Tylko w przypadku podjęcia uchwały o wypłacie dywidendy wspólnikom przysługuje roszczenie o wypłatę udziału w zysku.
Podjęcie uchwały o podziale zysku nie rodzi jeszcze obowiązku podatkowego, a czyni to dopiero wypłata (lub pozostawienie do dyspozycji) dywidendy dla wspólników spółki z o.o. lub powiększenie kapitału zakładowego spółki ze środków zgromadzonych w postaci kapitału zapasowego lub rezerwowego (tzw. kapitalizacja funduszy). Dotyczy to zarówno zysku netto roku obrotowego, jak i zysku przekazanego na te kapitały w poprzednich latach.
Natomiast w przypadku przekazania zysku na fundusze specjalne, czyli na kapitał zapasowy lub rezerwowy, spółka z o.o. płaci wyłącznie podatek od osób prawnych CIT i nie następuje wtedy podwójne opodatkowanie. Podsumowując, zatrzymanie zysku w spółce z o.o. nie powoduje konsekwencji podatkowych dla wspólników, z wyjątkiem przeznaczenia zysku na podwyższenie kapitału zakładowego.
Natomiast w sytuacji indywidualnej decyzji któregoś ze wspólników o nieodbieraniu przeznaczonej dla niego kwoty dywidendy pojawia się świadczenie na rzecz spółki w postaci nieoprocentowanej pożyczki, czyli stanowi to podstawę do naliczenia podatku od dnia następnego po tzw. dniu dywidendy.